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荧光标记基团的激发和发射波长

CY5激发光波长：646nm左右发射光波长：664nm左右。

激发波长对于杂散光和信噪比的影响非常显著，当狭缝的宽度不变时，用氩激光515nm比用480nm波长激发样品，杂散光可能会小一至二个数量级（在±100cm-1范围内），且分辨率会有所提高。发射光谱是指光源所发出的光谱。

可以根据这种荧光素的激发谱线来确定其激发波长，根据其发射谱来确定其发射波长。激发谱：不同波长的光激发荧光素后，荧光强度的变化。发射谱：同一波长的光激发荧光素后，各波长下的荧光强度的变化。一般都取峰值。

假设为260nm），扫描发射光谱B（假设发射波长扫描范围为280～550nm）荧光激发光谱：从图B找出吸收最强（或次强）对应的波长作为发射波长（假设为320nm），扫描激发光谱C 图B和C很易找到最大激发波长与发射波长。

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AlexaFluor系列染料的光谱特性

1、以高亮度、稳定性、仪器兼容性、多种颜色、pH值不敏感以及水溶性为主要特点。

2、发红光的二抗之所以发绿光，是因为流式里二抗的颜色一般只有红绿两种，而AlexaFluor488是一种常用的非常明亮的绿色荧光探针，其荧光光谱与FITC和Cy2比较接近。

3、Fluor偶联物有蓝色到红色的多种直接荧光；o pH值不敏感 — Alexa Fluor染料在一个广泛的pH范围内保持强荧光；o 水溶性 — Alexa Fluor反应性染料有良好的水溶性， 无需有机试剂即可结合蛋白， 且储存不易产生沉淀。

4、pH耐受性好 。Alexa Fluor 488-最好的绿色荧光基团Alexa Fluor 488偶联蛋白优于其他荧光素，实验证明比包括Cy2的其他绿色荧光基团都好。不仅亮度更高，而且光稳定性更好。在pH4-10的范围内保持稳定是其另一优越之处。